2019年12月30日，中国工程院院士李宁一案，再次在吉林省松原市中级人民法院开庭审理。这距离2015年8月20日李宁院士案一审第一次开庭，时隔4年4个月又10天。
2020年1月1日，经济观察网记者从参加庭审的李宁的妻子吴晓青等人处获悉，庭审从2019年12月30日早上8点30分开始，持续到当晚12点左右方始结束。庭审中，58岁的李宁院士，因情绪激动，身体不佳，曾两次出现眼睛短暂失明的情况。庭审被迫中断，现场医务人员经紧急救治，方才恢复视力。
2019年12月30日，松原中院在其新浪官方微博上，也对这次庭审，做了摘要播报。
松原市检察院指控李宁及其博士生、副研究员张磊，“利用其管理课题经费的职务便利，自2008年7月至2012年2月，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，贪污课题科研经费共计人民币3756万余元”。
本次庭审，李宁与4年多前一样，坚持认为自己无罪。
他表示：自己从海外留学归国后，从未亲自管理过科研经费；自己没有贪污和私用过一分钱科研经费；其科研经费是在全面超额完成了国家科技重大专项的任务前提下的结余，是高效使用科研经费的结果；成果的知识产权则属于中国农业大学；并且还将集体劳动所得用于了国家科技重大专项中。
“我先后六次获得过国家科技大奖，为国家创造的直接和间接经济效益至少也超过数百亿元，为什么连最起码的公正对待也得不到呢？我渴望自由，但我更渴望国家科技创新事业的发展和国家司法的文明进步！我希望法庭能尽快地还我清白，使我能够在新时代为加快建设创新型国家和世界科技强国贡献自己全部的智慧和力量！”
他的辩护律师，北京市炜衡律师事务所的袁诚惠律师和邢嘉然律师亦为其作无罪辩护。
庭审中，律师认为，李宁案的发生与当年科研经费管理制度不合理密切相关，2014年之前的科研经费管理制度，要求每年年底未用完的经费以及结题后的结余经费都应上交，但由于新一年的课题经费经常出现较长时间的滞后，迫使很多科研人员用假发票等形式将经费留用，以解决来年经费断档期的经费使用问题，否则将导致课题无法继续进行。本案中，课题组在项目执行过程中获得了大量的实验动物，如果经费断档，将无法维持存活，并且，李宁对具体经费操作事宜并不知情，无任何犯罪故意，不符合贪污罪主观方面构成要件。
值得注意的是，2014年之后，中国就对科研经费的管理，做出了较大的调整，2014年3月12日，国务院发布了《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》(国发[2014]11号)，就规定：“年度剩余资金可以结转下一年度继续使用”，项目结题后，符合条件的也可留用。
辩护律师认为，依据法律“从旧兼从轻”原则，“按照现在的科研经费规定，李宁团队的做法连违规都谈不上”。
松原中院在其新浪官方微博的庭审播报中介绍，张磊是“当庭表示认罪悔罪”；但未提及李宁及其律师为李宁辩护的内容。
1962年生于江西南昌的李宁，为中国动物生物学领域的著名科学家，国家“973”导向类项目首席科学家。2007年，时年45岁的他，即当选为中国工程院院士，为当时中国最年轻的工程院院士。
2014年6月20日，李宁被吉林检方以配合调查为由带走。之后，检方宣布对李宁予以逮捕。李宁是1949年以来第一个被逮捕的院士，故该案也被称为“中国院士第一案”。
2015年8月19日、20日，李宁案一审在吉林松原中院开庭。但随后四年多的时间里，该案再无任何进展，法院未有宣判，也没有批准对李宁的取保候审。
根据《刑事诉讼法》第二百零八条规定，“人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有本法第一百五十八条规定情形之一的，经上一级人民法院批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。”
事实上，由于法律没有对最高人民法院批准延期次数的限定，所以造成此案被十几次批准延期。这一不正常现象，已引发司法界及科学界的长时间广泛关注。
