1、对专项资金管理上存在偏差，依法理财观念不强
部分单位专项资金管理工作态度松懈，损失浪费严重。如个别项目管理成本太大，同一项目多个部门管理，不仅投入重复，使用分散，而且造成资金管理成本高。其次，部分财政资金使用效益不佳，用于主管部门自身支出比例偏高，各主管部门人员工资和公用经费支出比例偏高，也影响财政资金对项目的支持力度。除此以外，还有的项目规模小重复多，资金使用效益低，受益面小；财政资金投入渠道多，资金分散，难以形成合力。
2、预算管理粗放，执行缺乏刚性
专项资金管理工作中存在着拨付不及时，滞留、延压项目资金，不按预算执行，任意调整预算这一问题，这主要是财政和项目主管部门不按期拨付专项资金。原因是多方面的，这些问题会相应产生许多弊端:其一是逃避有关部门对专项资金的监督；其二是资金使用单位对专项资金使用管理心中无数；其三是造成专项资金长期闲置，不能及时发挥资金使用效率；其四是容易造成新的违纪行为。专项资金时间长了就变成单位的“自留地”，什么费用都往里挤；其五是资金零星分散造成资金的效益性不高。专项资金不能直接到项目，在部门层层转拨中“模糊”了资金用途，从而达到逃避监督，违规使用专项资金的目的。
3、项目管理及资金核算不规范
当前我国专项资金管理面临着监管职能缺位这一主要问题。我国专项资金政策上虽然规定执行的是财政、审计以及纪检部门的多重监管，但是在实际工作当中却有弊病和管理漏洞，即责权落实不到位，各个部门无法做到协调配合。专项资金监督力度不够，这就直接导致了项目管理不规范，资金核算不规范。
4、违规使用资金
部分专项资金项目申报弄虚作假，套取财政资金。一些部门和单位为了解决经费不足和其它支出的需要，利用申报项目资金套取财政资金，所申请的项目有的虚拟的，有的是已完工项目。上级部门来检查时，用已有项目应付或者做检查组的工作应付了事。另外还有虚假配套资金问题。个别单位在项目申报中积极争取上级对专项资金的投入，并承诺由地方财政或有关部门配套短缺资金，而实际上部门配套资金的承诺往往是一纸空文，或者先配套，再以“项目申报、验收、提供技术”等名义从项目资金中转回。
加强农业专项资金监管的主要对策
1、完善专项资金财务管理等控制制度
严格财务管理制度，建立健全内部控制制度，财务预算制度、财务开支审批制度。首先，对每一笔支出都严格审核，核对金额及原始票据的合法性，在保证原始票据真实、准确、合理、合法后，才予以付款。其次，为保证项目资金的安全运行和工程质量，杜绝工程腐败，项目实行招投标，邀请纪检监察、财政、审计等部门全程监督，坚决杜绝“人情标”和“关系标”。再次，实行监理制，选定有资质、负责任的监理单位实施监理，控制项目建设进度和质量。第四，工程实施采取合同管理制，项目建设单位和施工单位、监理公司分别签订签订项目施工责任书和项目施工合同书，明确各方责任，强化合同约束力；第五，实行公告制，在项目实施前在项目所在地张贴公告，提高工程透明度。委托社会中介机构对工程决算进行审计，建立起专项资金内控外审的监督检查新格局，保证专项资金效益的最大化。
2、建立健全项目会计核算体系
要规范会计核算，各部门拨入的专项资金全部纳入专账专户管理。在财务上可实行专项资金报账制或国库集中支付制度。实行报账制可以规范财务手续、工程验收手续、资金拨付手续，做到各部门之间互相监督、互相制约。通过国库集中支付，可缩小中间环节，减少中间费用，有利于节约资金。对物资采购要实行专项物资政府采购制。采用“拨入专款”和“专款支出”“、拨出专款”科目，分类单独核算专项资金的收支，避免将专项资金与其它资金混存混用，从账户源头上避免挤占、挪用。拨款按来源及项目名称明细核算，不能只反映一个总数，同样按项目支出的性质和内容对照项目的预算内容，相应增设二级、三级甚至更多的科目级次，以便准确、全面地反映项目建设的实际成本支出，达到项目完整核算的要求。严格区分拨出专款和专款支出，防止以拨列支。
3 、建立专项资金使用管理责任制
财政部门应通过“职能整合”促进资金的整合，各级财政部门在专项资金的政策制定上，要考虑基层的管理现状，做好资金的统筹安排。省、市级财政部门应对申请中央财政的项目实行统一申报，对下达县级的项目实行统一审批、统一拨付。县级财政部门应按照集中建设项目、集中建设地点、集中资金投入的要求，统一申报各种项目和资金。
4、严管资金拨付
资金管理是项目顺利实施的重要手段，是项目管理的核心，能否安全使用资金是项目实施成败的关键。按照资金管理的有关规定，按项目资金设立专户，实行专人管理、单独核算、专款专用；对资金的拨付使用严格按照规定的程序，执行“先报后审再批用”原则，由施工方提出申请，实施单位和监理单位核实工程量，项目实施负责人认定，最后由项目法人代表批准；对资金使用情况进行跟踪监督，保证资金使用的合理和安全；入账票据必须是正规的税务发票，报销发票抬头要一致，避免出现多种名称，并加盖施工单位公章；严格现金支出管理，工程款一律通过单位转账结算，避免现金支付；规范会计制度及会计科目设置，前期工作费、拆迁补偿费、竣工验收费、业主管理费、设备购置费、工程施工费支出严格按预算和《湖南省土地开发整理项目资金管理暂行办法》等相关资金管理规定执行。
5 、提升财务管理人员的素质
要提升专项资金管理人员的素质。专项资金使用部门要学习法律法规，提高政策理论水平，做到依法理财，规范管理；部门领导要按照法律程序办事，要配备政治素质和业务素质较高的专职财会人员从事财务会计工作。加强会计队伍建设，积极开展思想政治、法律法规、业务知识等专题学习活动，另外为保证项目资金安全使用，不定期组织相关项目单位主要负责人和财会人员的培训和教育，开展时间短、收效高、针对性强的岗位培训和业务学习，加强《会计法》等财经法规、土地开发整理项目资金相关文件及职业道德的教育，提高其专业水平、职业道德水平和整体素质。
农业部关于开展强农惠农资金使用突出问题专项整治工作的通知
为强化中央强农惠农政策落实，健全完善强农惠农资金使用管理机制，加大农民群众身边违规违纪违法问题查处力度，经与中纪委驻农业部纪检组（以下简称“驻部纪检组”）研究，决定从今年下半年开始在全国农业系统开展强农惠农资金使用突出问题专项整治工作（以下简称“专项整治工作”）。现将有关事项通知如下。（农业部 2016年6月29日）
1、整治工作主要任务范围
围绕党的十八大以来中央出台的、以各级农业行政管理部门为主推进实施的强农惠农重大政策以及重大改革措施，有针对性地开展专项整治。纳入此次专项整治范围的财政补贴补助资金包括：中央财政用于农机购置、草原生态保护补助奖励、新型职业农民培育、重大动物疫病强制免疫、重大农作物病虫害防治等工作的专项转移支付资金，并检查农业“三项补贴”政策改革和渔业油价补贴政策改革推进情况；基本建设资金包括：中央预算内投资用于种养业良种工程、草原防火基础设施建设、现代农业示范区高标准农田建设、农业科技创新能力条件建设、农垦天然橡胶基地、渔政建设等专项资金，以及农业综合开发农业部项目资金。
专项整治工作坚持问题导向，突出三个重点：一是个人或集体违法违纪问题。重点检查个人或集体是否存在利用资金、项目管理权，贪污、受贿，谋取私利问题；冒领、私分农民补贴资金和补偿款问题；项目申报弄虚作假，套取和骗取专项资金问题；截留、挪用专项资金问题；在政府采购、工程招投标等重点环节利益寻租问题；违规插手资金拨付、项目审批，与监管服务对象有不正当利益往来的问题。二是政策落实不规范、不到位问题。重点检查基层农业行政管理部门在强农惠农政策落实和资金管理使用方面履职尽责情况、监管责任分工落实情况，特别是县乡村三级在资金申报、分配、管理和使用方面存在的不规范、不到位问题。三是制度建设不匹配、不完善问题。重点评估政策设计和实施的科学性、实效性，推动进一步完善政策设计，优化资金结构和执行程序，健全监督管理机制，促进各项强农惠农资金安全、规范、高效使用。
2、整治工作步骤及时间安排
此次专项整治工作从今年7月份开始，到明年上半年为一个阶段。具体安排如下：
（1）动员部署。农业部成立专项整治工作领导小组，由农业部党组副书记、副部长余欣荣同志任组长，农业部党组成员、驻部纪检组组长宋建朝同志任副组长，农业部财务司、发展计划司、办公厅、驻部纪检组及相关行业司局为成员单位，统筹协调和督导各地专项整治工作。各省、自治区、直辖市以及计划单列市（以下简称各省）农业行政管理部门要按照农业部统一部署，成立本省专项整治工作领导小组，组长要由省一级农业厅（委、局）主要负责同志（党组、党委书记或副书记）担任，省一级纪委派驻纪检组组长任副组长，并结合本省实际制定具体实施方案。请各省于7月31日前将省级领导小组成立情况、本省实施方案、联系人、联系方式（办公电话、手机、传真、电子邮箱）报送农业部备案。鼓励各省结合实际将省级安排的强农惠农资金纳入专项整治范围。
（2）组织自查。各省领导小组要指导市县级农业行政管理部门做好专项整治工作，细化工作措施，并对本区域内农业系统管理使用强农惠农资金情况进行全面自查。自查阶段，要以2015年全国涉农资金专项整治行动中发现的问题为基础，进一步排查整理，聚焦重点，特别是对于一些“老大难”问题，彻底找出问题根源，厘清监管责任，下决心取得突破。要突出问题整改，及时纠正和处理存在问题，提出整改措施和要求。请各省于12月31日前将自查报告报送农业部。
（3）接受监督。在专项整治工作中，各级农业行政主管部门要自觉接受社会各界监督，主动公开举报电话、地址、邮箱，及时受理群众来信来访，依法依规、分级分类处理。涉及政策落实、资金管理、制度建设问题的，由计划财务部门集中受理；涉及个人或集体以权谋私、收受贿赂或存在各种利益输送问题的，由各级纪委派驻农业部门纪检组分级受理查处。
（4）督导检查。在各省自查基础上，农业部将适时派出督导检查组，到相关省开展督导检查，并选择部分县、乡、村进行重点抽查，重点检查各省部署推进专项整治工作情况以及自查工作质量效果。对2015年全国涉农资金专项整治行动中发现的问题未按时整改或整改不到位的，将约谈有关省农业行政主管部门主要负责人，并依规追究相关单位和人员的责任。
（5）整改落实。针对督导检查中发现的问题，农业部将分别提出问题清单和整改意见，其中对于系统性重大问题，将在全国范围内进行通报，并抄报各有关省人民政府和省纪检部门。各省要按照农业部要求，督促各地立行立改、限期整改，并在农业部下发整改意见1个月内将整改目标、整改措施、整改时限等情况报送农业部。农业部将在下一阶段专项整治工作中重点核查整改结果，对整改不到位的将采取进一步措施。
（6）阶段总结。各省要结合专项整治工作开展情况，形成阶段性总结报告，于2017年6月30日前报送农业部。农业部将对此次专项整治工作情况进行全面总结，对存在的普遍性、共性问题，会同有关部门进一步健全完善政策设计和资金监管机制；总结各地查处的违纪违法案件，对发现的薄弱环节和风险点，完善监督制度，制定农业系统工作人员廉洁行为规范；研究制定各级农业行政管理部门监管责任分工，切实解决监管中存在的任务不清、责任不明、执纪问责不到位的问题，并提出明确的纪律要求。
