近些年，国家政策的扶持，以及资本市场的介入，使我国农业发展进入快车道，随着农业发展速度的提升，也对我国农业发展提出了新的要求：保收入、保安全、保生态被纳入农业发展战略。相较于传统农业，现代农业在发展的同时，还要考虑到资源利用、生态环境、可持续发展等方面的因素，生态循环农业已是农业发展的战略国策。
一、养殖业所遭遇的困境
1. 粪污污染
生猪年污水产量为5.26t/头，牛污水产生量为0.46t/头，家禽污水产生量为0.001t/羽，据农业部数据显示，我国每年畜禽粪污产生量约为38亿吨，近些年畜禽养殖方式由原来的散户为主变成如今的规模化、集约化养殖为主导，造成单位养殖区域粪污产生量大增。
仅一个年出栏万头猪的规模养殖场每年能够产生固体粪便约为2500吨，尿液约为5400立方米，粪污产生量是很大。
养殖污水是水污染的重要来源之一，据统计一猪一天产生的污水相当于7个人一天的污水产生量。2010年《全国第一次污染源普查公报》显示，畜禽养殖业排放的化学需氧量达到1268.26万吨，占农业源排放总量的96%；总氮和总磷排放量为102.48万吨和16.04万吨，分别占农业源排放量的38%和56%，畜牧污染已经成为农业面源污染的主要来源。
畜禽粪污污染危害大，养殖污水不但会污染地表水，还会渗到浅层地下水，造成地下水氨氮超标，对水环境造成一定影响，甚至会引起居民饮水安全问题（畜禽粪污中含有致病菌、微生物以及病毒，会向畜禽和人传播疾病。）。养殖污水随意排放或处理不当，会产生大气臭味污水、有害气体（氨气、硫化氢等），对周围居民正常生活造成影响。畜禽粪污大量进入土壤，使土壤富营养化、结块，丧失耕种能力。
2. 粪污利用率低
我国养殖粪污利用率不足60%，也就是每年有15.2亿吨养殖粪污没有得到有效利用。畜禽粪便中含有大量的有机物及丰富的氮、磷、钾等营养物质，是农业优质的肥料来源，数千年来，农民一直将畜禽粪便作为提高土壤肥力的主要肥料，传统的农业模式能够有效实现种养结合。
随着我国养殖业集约化、规模化养殖，以及生活方式的改变，农业抛弃了原有种养结合的模式，限制了粪便返田利用。
二、实施种养结合的意义
1. 解决农业两大污染难题：畜禽粪污污染、秸秆污染，种养结合农田消纳了畜禽粪污，而农作物秸秆可以加工成畜禽饲料。
2. 减少养殖业对粮食的需求量：秸秆可以代替一部分玉米等能量饲料的需求量，甚至可以缓解对豆粕等蛋白饲料的需求量，减少豆粕进口的压力。
三、现阶段种养结合实施所遭受的困难
1. 粪肥的安全性
在养殖场日常生产当中， 畜禽粪便存在微生物污染、抗生素残留、重金属污染等问题对农产品有潜在质量安全的危害。
2. 农作物秸秆的安全性
在现代农业生产中，防治虫害主要途径是依靠使用化学农药来实现，由于农药残留问题阻碍农作物秸秆有效运用到畜禽业中。
3. 种植业和养殖业脱钩
长期以来，种植业和养殖业各自发展，存在脱钩问题，种养结合不紧密。规模养殖小区内没有足够的农田来消纳粪便，大面积农业区畜禽养殖量过少，粪便供给量受限。
4. 过分依赖化肥
当前化肥农民种地主要依靠施撒化肥来给农作物提供肥力，相比畜禽粪便，化肥施撒更方便、快捷，另外，化肥也能给农作物提供足够的营养成分，因此农民非常依赖化肥的使用。
四、种养结合实施策略
1. 规范饲料生产：控制抗生素的使用量，减少饲料中重金属的添加量。
2. 控制化学农药的使用：在使用化学制剂防治农作物病虫害时，要规范使用，尽量减少化学农药的使用，减少农作物农药残留。
3. 加大对种养结合的探索：国家、企业需要加大种养结合的投资力度，培育农业高科技人才，打造行之有效的产业链运作模式，实现适合我国国情的种养结合生态农业。
